En fuglekoloni er en stor samling af en eller flere arter af fugle som laver reder og/eller yngler tæt sammen.
Arter som ikke forsvarer et territorium med hensyn til føde såsom havfugle og sejlere, yngler ofte i kolonier i stedet. Dette anses for at skaffe beskyttelse mod prædatorer. Kolonirugende fugle forsvarer kun selve redepladsen og konkurrencen mellem og indenfor arterne om disse redepladser kan være meget stor.[1] Eksemler på kolonirugende fugle er måger, skarver alkefugle og albatrosser, pingviner, hejrer, råger og digesvaler.